士業コラム
税務署から税務調査の連絡が来たら?中小企業が確認したい準備と対応

税務署から税務調査の連絡が来たら?中小企業が確認したい準備と対応

税務署から「会社の税務調査を行いたい」と電話が来ると、何か問題があったのか、すぐに返答しなければならないのかと戸惑う経営者もいるでしょう。税務調査は申告内容を帳簿や資料と照合して確認する手続きであり、連絡があっただけで申告の誤りが確定したわけではありません。まずは通知内容を記録し、税理士と情報を共有したうえで、調査対象となる期間と資料を整理することが大切です。

最初の電話で確認すること

相手の所属と調査の概要を記録する

電話を受けた担当者は、税務署名、担当部署、職員の氏名、連絡先を控えましょう。実地調査の事前通知では、原則として調査開始日時、場所、目的、対象税目、対象期間、対象となる帳簿書類などが伝えられます。口頭での通知が原則です。

現金商売をしている会社には、まれに事前通知なく税務調査が入ることもあります。現金売上を帳簿から除外していないか、抜き打ちで確認するためです。ただ近年はキャッシュレス決済が増えたため、現金の売上比率が下がっており、事前通知なしの調査は減っているように思います。

通常は顧問税理士がいる場合には、税理士のほうに「〇〇株式会社の法人税・消費税の税務調査に行きたいのですが」と税務署から連絡がくることが多いです。このため、もし会社に連絡がきた場合には、確認して折り返す旨を伝えて、税理士から税務署に連絡してもらったほうが良いでしょう。

日程は会社と税理士の予定を照合する

提示された調査日を、その場で無条件に承諾する必要はありません。経営者や経理担当者、税理士の予定を確認して回答します。合理的な事情があれば、開始日時や場所の変更を協議できます。ただし、変更は会社の一存で決まるものではないため、早めに事情を伝えて調整しましょう。

調査前に帳簿と証拠資料を整理する

申告書と会計データの整合性を確認する

最初に、対象事業年度の法人税・消費税などの申告書、決算書、総勘定元帳、仕訳帳、補助元帳をそろえます。会計ソフトを使っている場合は、対象期間のデータを確認できる状態にしておきましょう。税務署から指定された資料がある場合には、それも合わせて準備します。

近年では、税務署の調査官から、調査の前に会社の総勘定元帳のデータをくださいと言われ、事前に取りに来ることも増えています。

申告書と帳簿の数字に差がある場合、決算整理仕訳や申告調整によるものか、入力漏れなのかを整理します。差異が見つかったからといって、理由を確認せず過去のデータを上書きすることは避けてください。修正が必要かどうかは、事実関係と税務上の取扱いを踏まえて判断します。

売上・仕入・経費の根拠を対応させる

請求書、契約書、納品書、領収書、預金通帳や入出金明細などを、帳簿の取引と対応させます。特に決算日前後の売上や仕入は、入金日・支払日だけでなく、商品引渡しや役務提供の時期も確認する必要があります。

経費については、支出先と金額だけでなく、事業との関係を説明できるかが重要です。交際費、出張費、外注費などで内容が分かりにくいものは、当時のメール、予定表、発注記録などを確認します。資料が見当たらない場合は、欠けている事実を正直に整理し、架空の領収書や後付けの記録を作成してはいけません。

税務調査は、だいたい過去3期分を調査します。3期比較で、金額が大きく変動している勘定科目があれば、変動理由を説明できるようにしておくと良いでしょう。

役員と会社の資金の動きも確認する

中小企業では、社長が立て替えた支払い、会社から役員への貸付け、個人口座を通じた入出金などが混在することがあります。役員借入金・役員貸付金の残高や、精算の経緯を帳簿と照合しておきましょう。

調査に必要な場合には、代表者個人名義の預金について提示を求められることもあります。個人名義だから一律に対象外になるわけではありません。求められた理由や事業との関連性を確認し、税理士と対応を検討します。

調査当日に経営者が意識したいこと

質問には事実に基づいて回答する

調査では、事業の概要、取引の流れ、売上の計上方法、経費の内容などについて説明を求められることがあります。

経営者自身が把握している事実と、経理担当者に確認すべき事項を分けて回答しましょう。記憶が曖昧な点は、その場で推測せず、資料を確認して後日回答する旨を伝える方が正確です。

税理士が立ち会う場合でも、会社の取引実態について経営者の説明が必要になる場面があります。誰がどの取引を説明できるか、事前に役割を整理しておくと対応しやすくなります。

追加資料の依頼は範囲と期限を確認する

当日に資料の追加提示や提出を求められることがあります。何の確認に必要なのか、対象期間、提出形式、期限を記録してください。帳簿データなど電子記録の提出を求められる場合もあります。国税庁は、調査関係書類をe-Taxで提出する仕組みも案内していますが、対象は担当職員から求められた資料などに限られます。

資料を渡した場合は、何をいつ提出したか控えを残しましょう。提出を拒めるかどうかを会社だけで即断せず、必要性や取扱いについて確認し、疑問があれば税理士と相談してください。

申告の誤りを指摘されたときの進め方

調査中に売上の計上漏れや経費の処理について指摘を受けても、その場で直ちにすべてを認める必要があるわけではありません。どの年度のどの取引について、どの事実や税法上の判断が問題になっているのかを整理します。契約内容や取引時期など、追加資料によって説明できる場合もあります。

一方、会社側で誤りが確認できた場合には、修正申告の要否、追加納税、加算税や延滞税への影響などを税理士と検討します。

なお、事前通知を受ける前に誤りに気付いた場合と、調査の通知後に気付いた場合では、加算税の取扱いが異なります。調査通知前の修正であれば、加算税はかかりません(延滞税は発生します)。自主的な見直しを行う際も、提出時期や事情を踏まえた検討が必要です。

税理士への相談前に準備したい情報

税務調査の連絡を受けたら、税務署から伝えられた内容、対象年度の申告書と決算書、会計データ、通帳、請求書・領収書などの保存状況を整理しましょう。帳簿と実際の取引が一致しない箇所、紛失した資料、過去に処理方法を迷った取引があれば、隠さず共有することが重要です。

例えば、経理担当者の交代で数年前の証憑の保管場所が分からない場合は、まず保存媒体や担当者への確認を進め、どの資料が不足しているか一覧にします。欠けている資料を無理に作るのではなく、銀行明細や取引先とのメールなど、当時の事実を裏付ける別の記録が残っていないか探します。

当事務所では、法人の会計・税務相談や税務署への対応を取り扱っています。調査の日程調整や資料準備、指摘事項への対応に不安がある場合は、連絡内容と帳簿の状況を整理したうえでご相談ください。まず会社で確認できることを進め、判断が分かれる税務処理や調査対応を税理士と検討することが、落ち着いた対応につながります。

本記事は、公開日時点の法令・制度および関連情報に基づいて作成しています。
法令改正等により内容が変更される場合があります。
個別にご相談につきましては、とちの会計事務所までお問い合わせください。

この記事をシェアする
  • LINE
  • X
  • Facebook

その他の記事